Jesus, vom Kreuz abgenommen, bereits in der Geste der Auferstehung, diese Skulptur steht in der von den Fuggern gestifteten Teil der Kirche

In dem ehemaligen Karmeliterkloster wurde bereits 1525 nach lutherischer Vorlage Gottesdienst gefeiert. 1531 wurde in dem ehemaligen Klostergebäuden ein protestantisches Gymnasium eingerichtet.  

Zwei Begegnungen machen die Kirche und den Gebäudekomplex zu einem historischen Ort zwischen Lutheranern du Katholiken.

1518 war Luther in dem Kloster untergebracht, als er mit dem römischen Kardinal Thomas Cajetan über seine Thesen zu Ablass und Rechtfertigung disputierte. Der Kardinal erwartete im Auftrag des Papstes Luthers Widerruf. Luther floh mit Unterstützung der Karmeliter.

Mit Augsburg verbindet sich der zwischen den protestantischen und katholischen Reichsständen, also den Fürsten, 1555 geschlossene Religionsfriede, den der Kaiser als Reichgesetz mit seiner Autorität versah. Er sicherte den Protestanten in ihren Gebieten freie Religionsausübung zu. Das Gesetzt gab den Fürsten das Recht, über die Konfession ihrer Untertanen zu bestimmen.

Gemeinsame Erklärung zur Rechtfertigungslehre

Die Rolle als Ort des Friedens zwischen den Konfessionen erfüllte sich für Augsburg am Reformationstag 1999. An dem Tag, an dem Luther 1517 seine Thesen veröffentlicht hatte, konnten die katholische Kirche und der Lutherische Weltbund ein Dokument unterzeichnen, das in der Frage der Rechtfertigung Übereinstimmung erklärte. Was schon im 16. Jahrhundert möglich gewesen wäre, braucht über 400 Jahre, nämlich dass beide Kirchen bereits in den Dokumenten der Reformationszeit festgestellt hatten. Der Mensch kann sich nicht auf eigene Verdienste, „Werke“ berufen, vielmehr wird ihm die Schuld allein durch die Gnade Gottes vergeben, er wird allein aus Gnade “gerechtfertigt“. Für die Lutheraner ist das von Melanchton 1530 ebenfalls bei einem Reichstag in Augsburg vorgelegte Dokument, die Confessio Augustana, das Augsburger Bekenntnis, für die Katholiken die Erklärung des Konzils von Trient die Grundlage. Es brauchte also keine neue theologische Aussage, man musste nur die damaligen Dokumente in Einklang bringen. Da diese unterschiedliche Begrifflichkeiten verwenden, konnte man über Jahrhunderte die andere Konfession eine falsche Auslegung vor allem der Briefe des Paulus unterstellen. 

Der Blick in die Goldschmiedekapelle erinnert an die Grablege der Augsburger Goldschmiede, die ihre Kapelle reich mit Fresken ausschmückten.